کتابخانة بنیاد دایرة‌المعارف اسلامی در سال 1362 شکل گرفت. مهم‌ترین هدف تأسیس آن، ایجاد پایگاهی اختصاصی برای گردآوری منابع و اطلاعات مورد نیاز اعضای هیئت علمی و محققان در تألیف مقالات دانشنامة جهان اسلام است.
تأمین منابع اطلاعاتی با گردآوری مراجع معتبر و کتابهای منحصربه‌فرد از کتابخانه‌های شخصی آغاز شد. شرکت در نمایشگاههای داخلی و خارجی کتاب، خرید مجموعه‌های شخصی، تهیة تصویر از نسخه‌های خطی یا چاپ سنگی و غیره بسیاری از خلأهای پژوهشی را تأمین کرد. این امر همواره با نظر نسخه‌شناسان و کتاب‌شناسان نخبه انجام می‌شد. نخستین مکانی که این مجموعة غنی در آن نگهداری شد، بخشی از عمارت کنونی انجمن حکمت و فلسفه، واقع در خیابان نوفل لوشاتو، بود. شمار عناوین تا سال 1368 به 7000 رسید. در سال 1370، انتقال کتابخانه و تشکیلات بنیاد به ساختمانی در ضلع شمال‌غربی میدان فلسطین، سبب شد کتابخانه از فضایی گسترده‌تر بهره‌مند شود. کتابخانه در 28 سال تحولاتی را پشت سر گذاشته که همواره بر نقش و اعتبار آن افزوده‌است و بدین‌ترتیب، آن مجموعه کوچک در مدت کوتاهی کتابخانه‌ای تخصصی و غنی و یکی از مجموعه‌های معتبر در حوزة دانشنامه‌نگاری شد.
ساختار سازمانی: شوراها و واحدها
1) شوراها
الف) شورای عالی کتابخانه. این شورا بالاترین مرجع سیاست‌گذاری، برنامه‌ریزی، و نظارت مستمر بر کلیة فعالیتهای کتابخانه و مرکز اطلاع‌رسانی است. اعضای شورا عبارت‌اند از:
ریاست شورا: معاون علمی بنیاد دایرة‌المعارف اسلامی؛ دبیر شورا: مدیر کتابخانه؛ معاونان واحدهای کتابخانه؛ دو تن از اعضای ارشد علمی بنیاد، منتخب مدیرعامل؛ و دو تن از اعضای ارشد علمی بنیاد، منتخب اعضای علمی بنیاد.
ب) شورای معاونت کتابخانه. این شورا از مدیر کتابخانه و معاونان واحدها تشکیل شده و وظایف آن عبارت است از: طرح تصمیمات، بررسی توانهای موجود، برنامه‌ریزی، و هدایت و کنترل راهکارهای مناسب برای بهبود سیاست کتابخانه.
ج) شورای پژوهش کتابخانه. این شورا از مدیر کتابخانه و اعضای هیئت علمی آن تشکیل شده‌است. وظیفة آن تلاش برای ارتقای سطح علمی کتابخانه و اعضای آن است، از طریق اجرای طرحهای پژوهشی، و با درنظرگرفتن معیارها و اولویتها و شایستگیها.
2) واحدهای کتابخانه
الف) واحد فراهم‌آوری و مجموعه‌سازی منابع چاپی و الکترونیکی. تهیة منابع اطلاعاتی از وظایف مهم این بخش است که همواره با صلاحدید و رایزنی مدیر و مشاوران کتابخانه، اعضای هیئت علمی، کارشناسان و پژوهشگران صورت می‌گیرد.
وظایف این واحد عبارت است از: نیازسنجی، مکان‌یابی، پیگیری سفارشها، انتخاب، خرید و تهیة منابع اطلاعاتی از چاپی و الکترونیکی و فرامتن و پایان‌نامه و غیره؛ شناسایی ناشران و کارگزاران فعال داخلی و خارجی در حوزة مطالعات اسلام و ایران و تهیه فهرستهای انتشاراتی؛ فعالیت در حوزه‌های ستادی و عملیاتی از قبیل شناسایی نمایشگاههای داخلی و خارجی کتاب و شرکت در آنها؛ عرضة خدمات اطلاع‌رسانی در زمینة تازه‌های نشر و کتابهای تازه خریداری شده؛ وجین مجموعه و کنترل رشد آن؛ پیگیری تجلید و صحافی منابع و به‌کارگیری راهکارهای مناسب برای ترمیم منابع آسیب‌دیده.
ب) واحد فهرست‌نویسی و خدمات فنی منابع چاپی و الکترونیکی. سازماندهی و طبقه‌بندی مواد و منابع اطلاعاتی کتابخانه به‌منظور تسهیل در بازیابی منابع فراهم‌شده از وظایف اساسی این بخش است. کتابها براساس رده‌بندی کتابخانة کنگرة امریکا طبقه‌بندی می‌شوند و موضوع‌گزینی آنها، علاوه‌بر استفاده از سرعنوانهای موضوعی فارسی و انگلیسی، همواره با رایزنیِ متخصصان، صورت می‌گیرد.
وظایف و عملکرد این بخش به این شرح است: فهرست‌نویسی و طبقه‌بندی مواد و منابع اطلاعاتی چاپی و غیرچاپی؛ ثبت منابع و قراردادن اطلاعات آن در شبکة کتابخانه و اینترنت؛ تولید اطلاعات منابع موجود در پایگاه اطلاعاتی کتابخانه در قالب توصیفگرها و کلید واژه‌های مناسب؛ تهیه‌کردن و دردسترس قراردادن بانکهای مناسب نظیر بانک پدیدآور، موضوعات و ناشران؛ و ایجاد و تنظیم برگه‌دانهای فارسی ـ عربی و لاتین.
ج) واحد خدمات مرجع و امانت. منابع مرجع و غیرمرجع با ضوابط ازپیش تعیین‌شده و مندرج در آیین‌نامه امانت کتاب، به‌صورت قفسه باز، در دسترس اعضای بنیاد قرار می‌گیرد. این واحد، علاوه‌بر مدیریت مخزن، عهده‌دار بخش مرجع کتابخانه است که به نام زنده‌یاد دکتر احمد طاهری عراقی نام‌گذاری شده‌است.
وظایف و اختیارات این واحد بدین شرح است:
دادن خدمات مرجع و پیگیری امور مراجعه‌کنندگان به‌منظور صرفه‌جویی در وقت آنها؛ رفع نیازهای اطلاعاتی و راهنمایی مراجعه‌کنندگان به منابع مورد نیاز؛ اطلاع‌رسانی درخصوص جدیدترین و مهم‌ترین منابع به‌صورت چکیده‌نویسی، تهیة فهرست مندرجات و تهیة نقد و تفسیر کتابها؛ نظارت بر نظام امانت و ورود و خروج منابع؛ و پیگیری امور عضویت؛ نظارت بر قرائت‌خانه و سالن مرجع.
د) واحد نشریات ادواری
وظایف و عملکردهای این واحد عبارت است از:
پیگیری سفارش، خرید و تهیة نشریات ادواری؛ سازماندهی بانک اطلاعات نشریات و تهیة شناسه‌های لازم؛ اطلاع‌رسانی ازطریق معرفی آخرین شماره‌های نشریات و تهیة فهرست مندرجات آنها؛ خرید تک‌نسخه برای رفع نواقص؛ و نظارت بر امانت نشریات.
امکانات کتابخانه
کتابخانه و مرکز اطلاع‌رسانی بنیاد دایرة‌المعارف اسلامی هم‌اکنون مشتمل است بر 000،180 جلد کتاب به زبانهای عربی، فارسی، اردو، انگلیسی، فرانسوی، آلمانی، روسی، اسپانیایی، و غیره، به‌صورت چاپی (نیز چاپ سنگی) و تصویر نسخه‌های خطی کمیاب. آخرین مجموعه‌های خریداری‌شده در آغاز هر هفته به‌صورت پیوسته (آنلاین) در وبگاه (سایت) بنیاد قرار داده می‌شود. تصویر صفحه‌عنوانِ کتابهای جدید، بر روی تابلوهای مخصوص قرار می‌گیرد، که راه دیگری برای اطلاع‌رسانی دربارة آثار خریداری شده‌است.
شمار نشریات کتابخانه بالغ بر 2207 عنوان است. از این تعداد، 1671عنوان به فارسی و عربی بقیه به لاتین است.
علاوه‌براین موارد، کتابخانه مفتخر به گردآوری و حفظ مجموعه‌های شخصی استادان و پایه‌گذاران دانشنامة جهان اسلام است، که عبارت‌اند از مجموعة استادان شادروان دکترعباس زریاب خویی، دکتر احمد طاهری عراقی، دکتر هوشنگ اعلم، و دکتر ایرج پروشانی.
نرم‌افزار و امکانات الکترونیکی کتابخانه
اطلاعات کتابخانه با نرم‌افزار پارس آذرخش (تحت ویندوز) و در شناسه‌های انواع مدارک، زبان، موضوع، عناوین، پدیدآورنده و غیره قابل بازیابی است. مراجعه‌کنندگان می‌توانند فهرست اطلاعات منابع مورد نیاز خود را چاپ‌شده یا بر روی لوح فشرده تهیه نمایند.
ارتباط با کتابخانه‌ها و مؤسسات دیگر
برای دسترسی به منابع بیشتر، کتابخانة بنیاد با کتابخانه‌ها و مؤسساتی در ارتباط است که با اهداف دانشنامة جهان اسلام همخوانی دارند. پژوهشگران نیز، با معرفی کتابخانة بنیاد، می‌توانند به این مراکز مراجعه کنند.
نحوة ارائة خدمات و ساعت کار کتابخانه
مراجعه‌کنندگان کتابخانه اعضای هیئت علمی، همکاران پشتیبانی علمی و اداری، مؤلفان مقالات دانشنامة جهان اسلام (خارج از بنیاد) و معرفی‌شدگان ویژه هستند.
کتابخانه از شنبه تا چهارشنبه، غیر از تعطیلات رسمی، از ساعت 8 تا 20 و پنج‌شنبه‌ها از 8 تا 13 برای استفادة مراجعه‌کنندگان باز است.