سازمان علمي بنياد مركب از ده گروه علمي، شش بخش و واحد علمي پشتيباني و دو بخش دفتر آموزش حين خدمت و دفتر سفارش و دريافت مقالات است. هريك از گروه‌هاي علمي از چند شاخۀ اصلي تشكيل شده و هر شاخه عهده دار تأليف تعداد معيني مقاله تا پايان كار تدوين دانشنامۀ جهان اسلام است. در هر گروه، مسئول شاخه وظيفۀ سفارش، تأليف، ارزيابي و ويرايش استنادي مقالات شاخۀ خود را برعهده دارد. بنابراين، در گروه‌هاي علمي، هر فرد تخصص ويژه اي در قلمرو كار خود دارد. مؤلفان همكار خارج از بنياد، مقالات را براساس نظر مسئول شاخه تأليف مي کنند. این گروه ها عبارتند از: