گروه عرفان بنياد دايرة‌المعارف‌ اسلامي در آغاز، بخشی از گروه «فلسفه و عرفان» بود و سه شاخة جغرافیایی و یک شاخة موضوعی داشت: عرفان در ایران و ماوراءالنهر تا قرن هفتم، عرفان در هند و ماوراءالنهر بعد از قرن هفتم، عرفان در جهان عرب و افریقا، و اصطلاحات و مفاهیم عرفانی. حوزه‌های جغرافیایی به سه بخش کتابها و اعلام و طریقتها و حوزه اصطلاحات عرفانی تقسیم می‌شود به اصطلاحات سلوکی مثل صحو و سکر؛ اصطلاحات عرفانی و قرآنی مثل تقوا؛ اصطلاحات عرفانی و اخلاقی صبر و شکر؛ اصطلاحات هستی‌شناسانه مثل تجلی و تعین و حضرات خمس؛ اصطلاحات معرفت‌شناسانه مثل کشف و شهود و رؤیت؛ مستحسنات صوفیه مثل شطح؛ القاب اولیا مثل ابدال و رجال غیب؛ استعارات مثل شاهد و کیمیا؛ و کلیات مثل سیر و سلوک و ادب.

با گذشت زمان، به‌منظور تخصصی‌تر‌کردن مقالات و با توجه به اینکه حوزة موضوعی عرفان با موضوعات دیگری همچون ادبیات درهم تنیده و گاه به موقعیتهای جغرافیایی وابسته بود، در بازنگری مدخلهای عرفانی دانشنامه، مدخلهایی که در عین داشتن صبغة عرفانی از حیث ادبی نیز اهمیت داشتند، از مدخلهای گروه ادبیات و گروه عرفان خارج شدند (ازجمله استعارات از شاخة اصطلاحات عرفانی)، و همراه با چند مدخل جدید عرفانی و ادبی، شاخة تازه‌ای به نام ادبیات عرفانی به‌وجود آمد. سپس مدخلهای راجع به مستشرقان نیز، که قبلاً در شاخة عرفان در ایران سامان می‌یافت، به ادبیات عرفانی سپرده شد، زیرا مستشرقانی که در حوزة عرفان پژوهش کرده‌اند، بیشتر در زمینة ادبیات عرفانی کار کرده‌اند. همچنین در این بازنگری، چند مدخل به شاخة آسیای صغیر و جهان عرب و افریقا اضافه شد. در ادامة این روند، تعدادی از مدخلهای جهان مالایی و چین، با همکاری گروه مطالعات شبه‌قاره و جنوب‌شرق آسیا، تعیین و قرار شد دربارة این مدخلها گروه شبه‌قاره با شاخة عرفان در هند همکاری داشته باشد. گروه عرفان به‌سبب داشتن مدخلهای مشترک با گروههاي ادبیات و فلسفه و قرآن و حدیث، با اعضاي این گروهها نیز مشورت می‌کند. در حال حاضر، هفت شاخة موضوعی گروه عرفان عبارت‌اند از: اصطلاحات عرفانی، عرفان در ایران، آداب و مستحسنات عرفانی و عرفان در شبه‌قارة هند، ادبیات عرفانی، جهان عرب و افریقا، تصوف آسیای صغیر، و مفاهیم عرفانی.