ابتدا این گروه مشتمل بر تعداد زیادی مدخل در حوزۀ تاریخ سیاسی اسلام، تاریخ فرق و مذاهب اسلامی وفرهنگ وتمدن اسلامی بود، اما با لزوم تشکیل گروههای تخصصی، مدخلهای گروه تاریخ منحصر شد به علم تاریخ و نیز تاریخ سیاسی. ساختار اولیۀ گروه تاریخ بر دو بخش استوار بود : تاریخ ایران، شامل «تاریخ ایران پیش از اسلام»  و «تاریخ ایران پس ­از اسلام تا انقلاب مشروطه» (تاریخ ایران پس از مشروطه، به گروه اسلام معاصر واگذار شد)؛  و تاریخ اسلام، که ادوار مختلف تاریخ سرزمینهای ­اسلامی را تا پایان خلافت اسلامی دربر می­گرفت. براین‌اساس، در بخش تاریخ ایران، زیرمجموعه­ هایی چون عصر ساسانی، ورود اسلام به ایران، عصر حکومتهای متقارن (طاهریان، صفاریان، سامانیان، آل ­بویه، غزنویان)، سلاجقه، خوارزمشاهیان، ایلخانان، تیموریان، صفویه، افشاریه، زندیه و قاجاریه وجود داشت که هر یک با زیرمجموعه‌های کوچک­تری در پیوند بود، شامل سلسله‌های محلی در نواحی گوناگون ایران آن روزگار و وقایع و اعلام و غیره. چنین طیف وسیعی، در بخش تاریخ اسلام گسترۀ بیشتری داشت: عصر جاهلیت، ظهور اسلام و عصر نبوی، دورۀ خلفای چهارگانه، امویان، عباسیان (بغداد و مصر)، امویان اندلس، فاطمیان و عثمانیان، و تاریخ ادوار اسلامی در نواحی گوناگون جهان اسلام چون شام، شمال افریقا، شبه‌قارۀ هند و شرق آسیا، آسیای میانه،آسیای صغیر وغیره. با ادامة فعالیتهای گروه، این ساختار به چندشاخۀ موضوعی تقسیم شد تا در تألیف و پرداخت مقالات دانشنامۀ جهان اسلام تخصصی­تر عمل شود. از‌این‌رو، «تاریخ اسلام» و «تاریخ ایران پس از اسلام» دو گروه مستقل شدند و شاخه­های شبه‌قارۀ هند و جنوب‌شرق آسیا، عثمانی، شمال افریقا و اندلس، نیز با تفکیک از گروه تاریخ اسلام، گروههای مستقل گردیدند. درحال حاضر، گروه تاریخ با تمرکز بر تاریخ ایران پس از اسلام، مشتمل است بر چهار شاخة موضوعی: تاریخ ایران از ورود اسلام تا حملة مغول، تاریخ ایران از حملة مغول تا صفویان، تاریخ ایران از صفویان تا قاجار، تاریخ ایران از دورة قاجار تا انقلاب مشروطه.

گستردگی زمانی و موضوعی مدخلهای حوزة تاریخ  و لزوم انجام فعالیتهای علمی با هدف رویکردی تخصصی‌تر در تألیف و پرداخت مقالات علمی دانشنامه جهان اسلام سبب شد،  بنا به تصمیم هیئت نظارت بر فعالیتهای علمی بنیاد دائره المعارف اسلامی گروه تاریخ اسلام، با جدا شدن از گروه تاریخ، به منزله گروهی مستقل شکل گیرد. گروه تاریخ اسلام ماموریت تالیف، سفارش، ارزیابی و ویرایش مدخلهای راجع به رویدادها، جنبشها، جنگها، شخصیتها، خاندان ها، گروه ها، اقوام و قبایل کهن، سلسله ها،  اصطلاحات و مفاهیم و کتابهای تاریخی در محدوده زمانی ظهور اسلام تا پایان خلافت عباسیان را عهده دار است. درحال حاضر فعالیتهای علمی گروه تاریخ اسلام در سه شاخة موضوعی صورت می‌گیرد که عبارت‌اند از: الف) صدر اسلام تا پایان­ دوره امویان؛ مدخلهای راجع به دوران جاهلیت، سیره و مغازی پیامبر اکرم(ص)، دورۀ خلفای چهارگانه و دولت امویان تا انقراض حکومت آنان در سال ۱۳۲ در این شاخه قرار می گیرد. ب) دوره اول عباسیان؛ این شاخه مدخلهای راجع به دوره زمانی از آغاز خلافت عباسیان در۱۳۲ تا سال ۳۳۴ (استیلای آل بویه بر بغداد) را در بر می گیرد. ج) دوره دوم عباسیان؛ این شاخه مدخلهای راجع به دوره زمانی از سال ۳۳۴  تا سقوط دولت عباسیان در ۶۵۶ را در بر می گیرد.