گروه مطالعات شبه‌قاره و جنوب‌شرق آسیا، برخلاف دیگر گروههای علمی که براساس موضوع شکل گرفته‌اند، نخستین گروه علمی در بنیاد دایرةالمعارف اسلامی است که بر مبنای مطالعات منطقه‌ای تشکیل شده‌است. هدف از تأسیس آن، مطالعة تاریخ و جغرافیا و فرهنگ و تمدن اسلامی در شبه‌قارة هند و جنوب‌شرق آسیا از آغاز ورود اسلام به این سرزمینها تا دورة معاصر و ایجاد کشورهای مستقل چون هند، پاکستان، بنگلادش، مالزی، و اندونزی است. این گروه مجموعه مدخلهایی را که در دیگر گروههای بنیاد دربارة فرهنگ و تمدن این منطقه وجود داشته، جمع کرده و تألیف و تولید آنها را برعهده گرفته‌است. اگر چه در برخی از دانشگاههای هند و مالزی و پاکستان گروههای علمی باعنوان تاریخ هند در دورة میانه یا تاریخ اسلام در جنوب‌شرق آسیا مشغول فعالیت‌اند، اما هیچ یک از آنها فرهنگ و تمدن اسلامی را با چنین تنوع موضوعی و در چنین منطقة گسترده‌ای  بررسی نمی‌کنند. بنابراین شاید بتوان گروه مطالعات شبه‌قاره را نخستین گروه علمی دانست که دربارة موضوعات متنوعی چون جغرافیا، تاریخ، زبان، گروههای قومی و نژادی و مذهبی و زندگی اجتماعی مسلمانان را در منطقه‌ای به وسعت شبه‌قاره و شرق آسیا و در دورة زمانی حدود سیزده قرن پژوهش می‌کند و نتایج آن را در قالب مقاله در دانشنامه جهان اسلام منتشر می‌سازد. هفت شاخة موضوعی این گروه، عبارت‌اند از: افغانستان، شرق آسیا، هند شمالی ( کشمیر بنگال)، سند و گجرات، دکن، اسلام معاصر، و ادبیات اردو.