تاریخ علم رشتهای است که به تحولات علوم گوناگون در بستر تاریخ میپردازد. در پژوهشهای تاریخ علم سطح دستاوردهای علمی در تمدنهای مختلف و سیر تاریخی و چگونگی انتقال علوم از تمدنی به تمدن دیگر بررسی میشود. گروه تاریخ علم بنیاد دایرةالمعارف اسلامی، در کنار پژوهشکدة تاریخ علم دانشگاه تهران، تنها نهادهای تخصصی تاریخ علم در ایراناند. مدخلگزینی دانشنامه جهان اسلام در حوزة تاریخ علم بر این اساس بودهاست که مدخلها چگونگی شکلگیری و تحول علوم را در کشورهای اسلامی از قرن دوم تا دورة معاصر نشان دهند. در یک طبقهبندی کلی، تاریخ علوم دورة اسلامی مشتملبر است بر تاریخ علوم دقیق شامل تاریخ رشتههایی چون ریاضیات، نجوم ، فیزیک ومکانیک؛ و تاریخ علوم طبیعی شامل تاریخ رشتههای پزشکی، زیستشناسی (شامل گیاهشناسی و جانورشناسی)، کانیشناسی و پدیدههای طبیعی. هر کدام از این حوزهها مدخلهایی از اعلام (شخصیتها)، کتابها، اصطلاحات و مفاهیم را دربر میگیرند. در تاریخ علوم دورة اسلامی، تاریخ علوم طبیعی و بهویژه تاریخ گیاهشناسی و جانورشناسی و کانیشناسی مهجورترند و اساساً پژوهشهای محدودی دراینباره در دنیا صورت گرفتهاست.
یکی از مشکلات گروه تاریخ علم از آغاز، کمبود مؤلفان متخصص در حوزههای تاریخ علوم دورة اسلامی است. البته این مشکل منحصر به ایران نیست و اساساً پژوهشگران این حوزه در دنیا انگشتشمارند. در سالهای قبل، بخشی از این مشکل با بهرهگیری از مؤلفان بینالمللی مرتفع شده، چنانکه تاکنون حدود بیست مقاله در حوزههای گوناگون تاریخ علم از مؤلفان غیرایرانی در دانشنامه جهان اسلام منتشر شدهاست. یکی از ریشههای این مشکل در ایران، تا همین اواخر، نبود رشتة دانشگاهی مرتبط با تاریخ علم در دانشگاههای داخلی بودهاست.چون دسترسی به منابع تخصصی تاریخی و منابع پژوهشی جدید یکی از ارکان اساسیِ در دایرةالمعارفنگاری است، گروه تاریخ علم کوشیدهاست با گردآوری منابع پژوهشی مورد نیاز خود، از کتاب و تصویر نسخههای خطی و مجلات پژوهشی، گنجینة آثارخود را غنا بخشد.
در حال حاضر کتابخانة بنیاد با گردآوری حدود سههزار منبع به زبان فارسی، عربی و زبانهای اروپایی در زمینة تاریخ علم (بهویژه تاریخ علوم دورة اسلامی) از غنیترین کتابخانههای ایران در این حوزه است. هشت شاخة موضوعی این گروه عبارتاند از: ریاضیات، کتابها و اعلام نجومی و مفاهیم تقویمی، مفاهیم و اصطلاحات نجومی و مهندسی و علوم (بهصورت عام)، تاریخ پزشکی، گیاهشناسی، کانیشناسی، جانورشناسی، و طبیعیات.