سازمان علمی بنياد مركب از شانزده گروه علمی است. هريك از گروه‌های علمی از چند شاخۀ اصلی تشكيل شده و هر شاخه عهده دار تأليف تعداد معينی مقاله تا پايان كار تدوين دانشنامۀ جهان اسلام است. در هر گروه، مسئول شاخه وظيفۀ سفارش، تأليف، ارزيابی و ويرايش استنادی مقالات شاخۀ خود را برعهده دارد. بنابراين، در گروه‌های علمی، هر فرد تخصص ويژه ای در قلمرو كار خود دارد. مؤلفان همكار خارج از بنياد، مقالات را براساس نظر مسئول شاخه تأليف می کنند. این گروه‌ها عبارتند از:

• عرفان

• فلسفه

• تاریخ اسلام

• ادبیات و زبان ها

• تاریخ علم

• کلام و فرق

• قرآن و حدیث

• فقه وحقوق

• تاریخ اجتماعی

• هنرومعماری

• اسلام معاصر

• شبه قاره هند و جنوب شرق آسیا

• مطالعات غرب جهان اسلام

• آسیای صغیر و بالکان

• جغرافیا

• تاریخ